Coordinación: | VAQUEIRO DE CASTRO ALVES, RUI CARLOS |
Año académico 2023-24 |
Denominación | BIOINFORMÁTICA | ||||||||||||
Código | 101612 | ||||||||||||
Semestre de impartición | 1R Q(SEMESTRE) EVALUACIÓN CONTINUADA | ||||||||||||
Carácter |
| ||||||||||||
Número de créditos de la asignatura (ECTS) | 6 | ||||||||||||
Tipo de actividad, créditos y grupos |
| ||||||||||||
Coordinación | VAQUEIRO DE CASTRO ALVES, RUI CARLOS | ||||||||||||
Departamento/s | CIENCIAS MÉDICAS BÁSICAS | ||||||||||||
Distribución carga docente entre la clase presencial y el trabajo autónomo del estudiante | 55 hores presencials
100 hores no presencials | ||||||||||||
Información importante sobre tratamiento de datos | Consulte este enlace para obtener más información. | ||||||||||||
Idioma/es de impartición | Anglès |
Profesor/a (es/as) | Dirección electrónica\nprofesor/a (es/as) | Créditos impartidos por el profesorado | Horario de tutoría/lugar |
BASALLO CLARIANA, ORIOL | oriol.basallo@udl.cat | ,4 | |
MARÍN SANGUINO, ALBERTO | alberto.marin@udl.cat | 6,2 | |
USIE CHIMENOS, ANA ISABEL | anabel.usie@udl.cat | 3 | |
VAQUEIRO DE CASTRO ALVES, RUI CARLOS | rui.alves@udl.cat | 2,4 |
És una matèria del tercer curs de la Llicenciatura de Biotecnologia que s’imparteix al primer quadrimestre del curs acadèmic. En aquesta assignatura es vol proporcionar als alumnes que ja tenen una formació bàsica en Biotecnologia i els coneixements necessaris per a què puguin utilitzar els mètodes bioinformàtics i computacionals disponibles per estudiar els processos cel•lulars responsables del funcionament normal i patològic dels organismes importants per a aplicacions biomèdiques i biotecnològiques. Aquests coneixements els hauran de saber utilitzar per plantejar-se
problemes científics, desenvolupar estratègies per solucionar aquest problemes i aplicar aquestes estratègies de forma científicament adequada i rigorosa.
A més de facilitar l’adquisició de competències bàsiques transversals, es pretén que els estudiants adquireixin competències terminològiques i els conceptes bàsics de Bioinformàtica i Biologia Computacional, tant a nivell teòric com a nivell pràctic. A més de familiaritzar-se amb els mètodes i programes del àrea, els alumnes adquiriran
competències relacionades amb la seva capacitat de comunicació, el treball en equip i
en la utilització de les TIC (Tecnologies de la Informació i Comunicació) per a l’obtenció i el maneig de la informació.
Aquesta assignatura també contribuirà per a què els estudiants adquireixin capacitat d’autoformar-se, ja que hauran de fer diversos treballs fora de classe i de forma autònoma.
L’estudiant que superi l’assignatura ha de : (Objectius de coneixement)
•Conèixer i saber aplicar els conceptes especificats en el programa teòric.
•Conèixer la terminologia i el llenguatge científic bàsic relacionat amb la bioinformàtica i biologia computacional.
•Saber utilitzar els conceptes relacionats amb els continguts temàtics per valorar críticament les diverses eines disponibles per efectuar la mateixa feina i els seus límits.
•Saber utilitzar els conceptes relacionats amb els continguts temàtics per efectuar els treballs d’avaluació proposats i interpretar els resultats obtinguts.
•Saber identificar quines eines utilitzar una vegada definit el problema biològic.
•Saber aprendre a utilitzar aquestes eines de forma autònoma.
•Saber escriure articles científics.
•Efectuar amb èxit els treballs definits per la avaluació d’aquests conceptes.
•Interpretar els resultats i les observacions de projectes d'investigació en bioinformàtica.
L’estudiant que superi l’assignatura ha de ser capaç de: (Objectius de capacitat)
•Proporcionar una formació científica en totes les facetes relacionades amb la biotecnologia.
•Desenvolupar les actituds i aptituds necessàries per ser capaç d'actuar àmpliament en matèria d'investigació biotecnologica.
•Donar als futurs professionals de biotecnologia amplis coneixements en ciències bàsiques, tècniques i mètodes d'investigació biomèdica, organització i gestió de la investigació, aspectes legals i ètics de la investigació, salut pública, idiomes i altres matèries complementàries.
•Reconèixer les pròpies limitacions i la necessitat de mantenir i actualitzar la competència professional, prestant especial atenció a l'aprenentatge, de manera autònoma i continuada, de nous coneixements, productes i tècniques en biotecnologia, així com a la motivació per a la qualitat.
•Adquirir la formació bàsica per a l'activitat investigadora, amb capacitat de formular hipòtesis, recollir i interpretar la informació per a la resolució de problemes seguint el mètode científic. Comprendre la importància i les limitacions del pensament científic en biotecnologia.
Competències básicas
El graduado en Biotecnologia debe de:
CB2 Que los estudiantes sepan aplicar sus conocimientos a su trabajo o vocación de una forma profesional y posean las competencias que suelen demostrarse por medio de la elaboración y defensa de argumentos y la resolución de problemas dentro de su área de estudio
CB3 Que los estudiantes tengan la capacidad de reunir e interpretar datos relevantes (normalmente dentro de su área de estudio) para emitir juicios que incluyan una reflexión sobre temas relevantes de índole social, científica o ética
CB4 Que los estudiantes puedan transmitir información, ideas, problemas y soluciones a un público tanto especializado como no especializado
CB5 Que los estudiantes hayan desarrollado aquellas habilidades de aprendizaje necesarias para emprender estudios posteriores con un alto grado de autonomía
Competències generales
El graduado en Biotecnologia debe de:
CG1 Ser capaz de buscar y utilizar selectivamente fuentes de información necesarias para alcanzar los objetivos formativos.
CG2 Interpretar la información científico-técnica con un sentido crítico, y ser capaz de hacer presentaciones basadas en esta información.
CG3 Trabajar en equipo, con una visión multidisciplinar y con capacidad para hacer una distribución racional y eficaz de tareas entre los miembros del equipo.
CG4 Conocer y utilizar adecuadamente el vocabulario científico y técnico propio de los diferentes ámbitos de la Biotecnología.
CG5 Trabajar en el laboratorio aplicando criterios de calidad y buena práctica.
CG6 Conocer y saber utilizar el programario y las bases de datos específicas en los diferentes ámbitos de la Biotecnología.
CG7 Utilizar el método científico para analizar datos y diseñar estrategias experimentales con aplicaciones biotecnológicas.
CG8 Ser capaz de formarse un juicio crítico sobre las implicaciones de la biotecnología a nivel ético, legal y ambiental.
CG12 Desarrollar habilidades de trabajo y relaciones interpersonales en un entorno laboral y conocer la organización, estructura de una empresa o institución
Competencies transversales
El graduado en Biotecnologia debe de:
CT1 Ser capaz de realizar informes escritos y orales comprensibles sobre el trabajo realizado, con una justificación basada en los conocimientos teórico-prácticos conseguidos.
CT2 Poder comunicar y comunicarse en el ámbito internacional en su desarrollo profesional.
CT3 Utilizar herramientas y técnicas de la información y comunicación para el análisis de datos y la elaboración de informes orales y escritos y otras actividades formativas y profesionales.
CT4 Respetar los derechos fundamentales de igualdad entre hombres y mujeres, la promoción de los Derechos Humanos y los valores propios de una cultura de paz y de valores democráticos.
CT5 Aplicar la perspectiva de género a las funciones propias del ámbito profesional
Competències específiques (segons document Pla d'Estudis)
CE10 Ser capaz de aplicar los procedimientos matemáticos a situaciones científico-técnicas necesarias a lo largo de los estudios y en el ejercicio futuro de la profesión.
CE11 Conocer y saber utilizar los conceptos básicos del método estadístico, siendo capaz de analizar estadísticamente los resultados de estudios e interpretarlos críticamente.
CE14 Conocer la biología de los seres vivos en sus niveles molecular, celular, orgánico y poblacional, con énfasis en los organismos con interés biotecnológico.
CE15 Conocer las biomoléculas esenciales para la vida y los conceptos básicos de enzimología.
CE17 Conocer los procesos metabólicos esenciales de los seres vivos y su regulación.
CE18 Adquirir una visión integrada de las estructuras celulares, relacionándolas con sus funciones específicas y los procesos bioquímicos implicados.
CE19 Conocer las singularidades del análisis genético y sus funciones biotecnológicas.
CE20 Entender la función de los genes y su regulación en respuesta a cambios externos de la célula.
CE22 Adquirir un conocimiento preciso de los principios básicos y de los mecanismos fisiológicos de los organismos animales y vegetales.
CE28 Conocer y saber aplicar las técnicas de análisis ómico y de interpretación de los resultados.
Tema 1: Introducció a la Bioinformàtica clàssica. (5 h) Seqüenciació i muntatge de genomes. Anotació genòmica. Bioinformàtica de gens que no codifiquen proteïnes. Dels gens a les proteïnes. Predicció de propietats de proteïnes. Bioinformàtica de tècniques òmiques.
Tema 2: Introducció a la Bioinformàtica de Xarxes Moleculars (5 h) Integració de informació per inferir xarxes genètiques i de proteïnes. Representació de xarxes.
Tema 3: Introducció a la predicció fisiològica (10 h): De la representació d’una xarxa a la predicció del seu comportament dinàmic. Models Matemàtics de Sistemes Moleculars. Limitacions dels models matemàtics de sistemes biològics. Exemples d’aplicació de les diferents eines i mètodes a problemes de recerca.
Tema 4: Informàtica Mèdica: Bioinformàtica en la salut i en la malaltia (2h). Epidemiologia i eficiència del sistema sanitari. Gestió i seguiment de pacients. Assistència al diagnòstic.
Activitats pràctiques
-Practiques de laboratori en aula informàtica. (Pr)
Aquestes es realitzaran amb tots els estudiants simultàniament, i són obligatòries. En les pràctiques els grups solucionaran problemes biològics aplicant els conceptes teòrics. Els treballs s’efectuaran en grups de 4 estudiants, sempre iguals durant toda la assignatura.
Tipus d'activitat |
Descripció |
Activitat presencial alumne |
|
Activitat no presencial alumne |
|
Avaluació |
Temps total |
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
|
Objectius |
Hores |
Treball alumne |
Hores |
Hores |
Hores |
Lliçó magistral |
Classe magistral (Aula. Grup gran) |
Explicació dels principals conceptes |
22 |
Estudi: Conèixer, comprendre i sintetitzar coneixements |
10 |
2 |
34 |
Problemes i casos |
Classe participativa (Aula. Grup gran ) |
Resolució de problemes i casos |
0 |
Aprendre a resoldre problemes i casos |
0 |
|
0 |
Seminari |
Classe participativa (Grup mitjà) |
Realització d'activitats de discussió o aplicació |
0 |
Resoldre problemes. Discutir |
0 |
|
0 |
Laboratori |
Pràctica de Laboratori (Grup mitjà) |
Execució de la pràctica: comprendre fenòmens, mesurar... |
0 |
Estudiar i Realitzar memòria |
0 |
|
0 |
Aula d' informàtica |
Pràctica d'aula d'informàtica (Grup mitjà ) |
Execució de la pràctica: comprendre fenòmens, mesurar... |
28 |
Estudiar i Realitzar memòria |
110 |
|
139 |
Pràctiques de camp |
Pràctica de camp (Grup mitjà ) |
Execució de la pràctica: comprendre fenòmens, mesurar... |
0 |
Estudiar i Realitzar memòria |
0 |
|
0 |
Visites |
Visita a explotacions o industries |
Realització de la visita |
0 |
Estudiar i Realitzar memòria |
0 |
|
0 |
Activitats dirigides |
Treball de l'alumne (individual o grup) |
Orientar a l'alumne en el treball (en horari de tutories) |
0 |
Realitzar un treball bibliogràfic, pràctic, etc. |
0 |
|
0 |
Altres |
|
|
1 |
|
1 |
|
1 |
Totals |
|
|
50 |
|
120 |
3 |
174 |
Las clases teóricas se realizarán en el aula, lo que permitirá el acceso virtual a través del campus virtual.
Las clases prácticas se llevarán a cabo en la clase de informática, a menos que la situación del professorado associado requiera que estén en línea.
Es posible que algunas de las clases prácticas se realicen en clase de prácticas, pero con el profesor presente de forma virtual, para incorporar experiencia de profesores que trabajan fuera del país.
En las clases prácticas, los estudiantes trabajarán de forma autónoma en grupos de 3-5 estudiantes, con la supervisión del profesor en caso de que surja la necesidad.
Exámenes |
Prácticas |
Análisis de casos y problemas |
Otras actividades |
---|---|---|---|
Examen final presencial o actividad avaluativa a determinar en caso de imposibilidad de un examen presencial 30 % |
60% (2 actividades avaluables, cada una 30%) |
0 |
10%
|
Observacions
•La matéria se aproba con una nota mínima de 6 sobre 10 en cada trabajo efectuado y en el examen final. 10% de la nota final depende del criterio del professor.
Evaluación alternativa:
En caso de que el estudiante no pueda efectuar la evaluación continua por alguno de los supuestos incluidos en la normativa de evaluación de la UdL, deberá comunicarlo al profesor durante la primera semana de clases.
En este caso el estudiante podrá efectuar una avaluación única al final de la asignatura, entregando los dos trabajos pràticos realizados de forma individual (33% de la nota final cada uno) al mismo tiempo que realizará un examen final (34% de la nota final).
Bibliografia bàsica
Alves, R., Vilaprinyo, E. & Sorribas, A. (2008) Integrative Computational Biology: Perspectives and Possibilities for in silico network reconstruction in Molecular Systems Biology. Current Bioinformatics, 3: 98-129
Gromiha, M. M. (2010) Protein bioinformatics : from sequence to function. Elsevier
Lesk, A. M. (2008) Introduction to Bioinformatics. Oxford
Lengauer, T. (2007) Bioinformatics: From genomes to therapies. Wiley
Savageau, M. A. (2010) Biochemical Systems Analysis: A Study of Function and Design in
Molecular Biology, CreateSpace Press
Bibliografia complementària
http://web.udl.es/usuaris/pg193845/Courses/Bioinfo_Biotech_2011/index.html