Castellano English
GUIA DOCENT
BIOINFORMÀTICA
Coordinació:
VAQUEIRO DE CASTRO ALVES, RUI CARLOS
Any acadèmic 2023-24
GUIA DOCENT: BIOINFORMÀTICA 2023-24

Informació general de l'assignatura
DenominacióBIOINFORMÀTICA
Codi101612
Semestre d'impartició1R Q(SEMESTRE) AVALUACIÓ CONTINUADA
Caràcter
Grau/MàsterCursCaràcterModalitat
Grau en Biotecnologia3OBLIGATÒRIAPresencial
Màster Universitari en Investigació BiomèdicaCOMPLEMENTS DE FORMACIÓPresencial
Nombre de crèdits assignatura (ECTS)6
Tipus d'activitat, crèdits i grups
Tipus d'activitatPRAULATEORIA
Nombre de crèdits42
Nombre de grups21
CoordinacióVAQUEIRO DE CASTRO ALVES, RUI CARLOS
Departament/sCIÈNCIES MÈDIQUES BÀSIQUES
Distribució càrrega docent entre la classe presencial i el treball autònom de l'estudiant55 hores presencials
100 hores no presencials
Informació important sobre tractament de dadesConsulteu aquest enllaç per a més informació.
Idioma/es d'imparticióAnglès
Professor/a (s/es)Adreça electrònica professor/a (s/es)Crèdits impartits pel professoratHorari de tutoria/lloc
BASALLO CLARIANA, ORIOLoriol.basallo@udl.cat,4
MARÍN SANGUINO, ALBERTOalberto.marin@udl.cat6,2
USIE CHIMENOS, ANA ISABELanabel.usie@udl.cat3
VAQUEIRO DE CASTRO ALVES, RUI CARLOSrui.alves@udl.cat2,4
Informació complementària de l'assignatura

És una matèria del tercer curs de la Llicenciatura de Biotecnologia que s’imparteix al primer quadrimestre del curs acadèmic. En aquesta assignatura es vol proporcionar als alumnes que ja tenen una formació bàsica en Biotecnologia i els coneixements necessaris per a què puguin utilitzar els mètodes bioinformàtics i computacionals disponibles per estudiar els processos cel•lulars responsables del funcionament normal i patològic dels organismes importants per a aplicacions biomèdiques i biotecnològiques. Aquests coneixements els hauran de saber utilitzar per plantejar-se problemes científics, desenvolupar estratègies per solucionar aquest problemes i aplicar aquestes estratègies de forma científicament adequada i rigorosa.

A més de facilitar l’adquisició de competències bàsiques transversals, es pretén que els estudiants adquireixin competències terminològiques i els conceptes bàsics de Bioinformàtica i Biologia Computacional, tant a nivell teòric com a nivell pràctic. A més de familiaritzar-se amb els mètodes i programes del àrea, els alumnes adquiriran competències relacionades amb la seva capacitat de comunicació, el treball en equip i en la utilització de les TIC (Tecnologies de la Informació i Comunicació) per a l’obtenció i el maneig de la informació.

Aquesta assignatura també contribuirà per a què els estudiants adquireixin capacitat d’autoformar-se, ja que hauran de fer diversos treballs fora de classe i de forma autònoma.

OFFICE HOURS FOR TUTORING:

 

MONDAYS, FROM 14:00 TO 16:00

 

Grading:

​​Informació sobre la transmissió i l'enregistrament de dades personals dels docents i dels estudiants de la Universitat de Lleida arran de la impartició de docència en instal·lacions de la UdL i a distància
La Universitat de Lleida informa que, en funció dels canvis a què es vegi obligada d’acord amb les instruccions de les autoritats sanitàries, les disposicions de la UdL o l’assegurament de la qualitat de la docència, pot transmetre, enregistrar i usar la imatge, la veu o, si s’escau, l’entorn físic triat pels docents i pels alumnes, amb l’objectiu d’impartir la docència en instal·lacions de la UdL o a distància.
Al seu torn, encoratja les persones afectades perquè, en el cas de la docència a distància, triïn els espais que menys incidència tinguin en la seua intimitat.
I, en general, es recomana optar preferentment per les interaccions en el xat o sense activar la càmera, quan no es duguin a terme activitats docents que per les seues característiques exigeixin una interacció oral o visual.
El responsable de l'enregistrament i l'ús d’aquestes dades personals és la Universitat de Lleida –UdL– (dades de contacte del representant: Secretaria General. Plaça de Víctor Siurana, 1, 25003 Lleida; sg@udl.cat; dades de contacte del delegat de protecció de dades: dpd@udl.cat).
Aquestes dades personals s'utilitzaran exclusivament per a les finalitats inherents a la docència de l'assignatura. En particular, l’enregistrament compleix les funcions següents:
• Oferir la possibilitat d’accedir als continguts en línia i, si s’escau, a mode de formació asíncrona.
• Garantir l'accés als continguts als estudiants que, per raons tecnològiques, personals o de salut, entre d'altres, no hi hagin pogut participar.
• Constituir un material d'estudi per a la preparació de l'avaluació.
Resta absolutament prohibit l’ús de les dades transmeses i dels enregistraments per a altres finalitats, o en àmbits aliens al Campus Virtual, on romandran arxivats, de conformitat amb la política de propietat intel·lectual i industrial de tots els continguts inclosos en webs propietat de la UdL.
En cas que n’hi hagin, els enregistraments es conservaran durant el temps que decideixi qui imparteix l’assignatura, d’acord amb criteris estrictament acadèmics, i, a tot estirar, s’han d’eliminar al final del curs acadèmic actual, en els termes i condicions previstes en la normativa sobre conservació i eliminació dels documents administratius de la UdL, i les taules d’avaluació documental aprovades per la Generalitat de Catalunya (http://www.udl.cat/ca/serveis/arxiu/).
Aquestes dades personals són imprescindibles per impartir la docència en l’assignatura, i la definició dels procediments de docència, en especial la que es fa a distància, és una potestat de la UdL en el marc del seu dret d'autonomia universitària, com preveuen l’article 1.1 i l’article 33.1 de la Llei orgànica 6/2001, de 21 de desembre, d'universitats. Per aquest motiu, la UdL no necessita el consentiment de les persones afectades per transmetre’n o enregistrar-ne la veu, la imatge i, si s’escau, l’entorn físic que hagin triat, amb aquesta exclusiva finalitat, d’impartir la docència en l’assignatura.
La UdL no cedirà les dades a tercers, llevat dels casos estrictament previstos en la Llei.
Les persones afectades poden accedir a les seues dades; sol·licitar-ne la rectificació, supressió o portabilitat; oposar-se al tractament i sol·licitar-ne la limitació, sempre que sigui compatible amb les finalitats de la docència, mitjançant un escrit tramès a l'adreça dpd@udl.cat. També poden presentar una reclamació adreçada a l'Autoritat Catalana de Protecció de Dades, mitjançant la seu electrònica de l’Autoritat (https://seu.apd.cat) o per mitjans no electrònics.

Objectius acadèmics de l'assignatura

L’estudiant que superi l’assignatura ha de : (Objectius de coneixement)

•Conèixer i saber aplicar els conceptes especificats en el programa teòric.

•Conèixer la terminologia i el llenguatge científic bàsic relacionat amb la bioinformàtica i biologia computacional.

•Saber utilitzar els conceptes relacionats amb els continguts temàtics per valorar críticament les diverses eines disponibles per efectuar la mateixa feina i els seus límits.

•Saber utilitzar els conceptes relacionats amb els continguts temàtics per efectuar els treballs d’avaluació proposats i interpretar els resultats obtinguts.

•Saber identificar quines eines utilitzar una vegada definit el problema biològic.

•Saber aprendre a utilitzar aquestes eines de forma autònoma.

•Saber escriure articles científics.

•Efectuar amb èxit els treballs definits per la avaluació d’aquests conceptes.

•Interpretar els resultats i les observacions de projectes d'investigació en bioinformàtica.

 

L’estudiant que superi l’assignatura ha de ser capaç de: (Objectius de capacitat)

•Proporcionar una formació científica en totes les facetes relacionades amb la biotecnologia.

•Desenvolupar les actituds i aptituds necessàries per ser capaç d'actuar àmpliament en matèria d'investigació biotecnologica.

•Donar als futurs professionals de biotecnologia amplis coneixements en ciències bàsiques, tècniques i mètodes d'investigació biomèdica, organització i gestió de la investigació, aspectes legals i ètics de la investigació, salut pública, idiomes i altres matèries complementàries.

•Reconèixer les pròpies limitacions i la necessitat de mantenir i actualitzar la competència professional, prestant especial atenció a l'aprenentatge, de manera autònoma i continuada, de nous coneixements, productes i tècniques en biotecnologia, així com a la motivació per a la qualitat.

•Adquirir la formació bàsica per a l'activitat investigadora, amb capacitat de formular hipòtesis, recollir i interpretar la informació per a la resolució de problemes seguint el mètode científic. Comprendre la importància i les limitacions del pensament científic en biotecnologia.

Competències

Competències bàsiques

El graduat en Biotecnologia ha de:

CB2 Que los estudiantes sepan aplicar sus conocimientos al su trabajo o vocación de una forma profesional y posan las competencias que suelen demostrarse per mitjà de l'elaboració i defensa d'arguments i la resolució de problemes dins de la seva àrea d'estudi

CB3 Que els estudiants tinguin la capacitat de reunir i interpretar dades rellevants (normalment dins de la seva àrea d’estudi) per emetre juicis que inclouen una reflexió sobre temes rellevants d’índole social, científica o ètica

CB4 Que els estudiants transmeten informació, idees, problemes i solucions a un públic tant especialitzat com no especialitzat

CB5 Que els estudiants han desenvolupat aquelles habilitats d’aprenentatge necessàries per emprendre estudis posteriors amb un alt grau d’autonomia

Competències generals

El graduat en Biotecnologia ha de:

CG1 Ser capaç de buscar i utilitzar selectivament fonts d’informació necessàries per assolir els objectius formatius.

CG2 Interpretar la informació científica-tècnica amb un sentit crític, i és capaç de fer presentacions basades en aquesta informació.

CG3 Treballar en equip, amb una visió multidisciplinària i amb capacitat per fer una distribució racional i eficaç de tareas entre els membres de l'equip.

CG4 Conocer i utilitzar adequadament el vocabulari científic i tècnic propi dels diferents àmbits de la Biotecnologia.

CG5 Treballar en el laboratori aplicant criteris de qualitat i bona pràctica.

CG6 Conocer i saber utilitzar el programa i les bases de dades específiques en els diferents àmbits de la Biotecnologia.

CG7 Utilitzar el mètode científic per analitzar dades i dissenyar estratègies experimentals amb aplicacions biotecnològiques.

CG8 Ser capaç de formar un juici crític sobre les implicacions de la biotecnologia a nivell ètic, legal i ambiental.

CG12 Desenvolupar habilitats de treball i relacions interpersonals en un entorn laboral i conèixer l’organització, estructura d’una empresa o institució

Competències transversals

El graduat en Biotecnologia ha de:

CT1 Serà capaç de realitzar informes escrits i orals comprensibles sobre el treball realitzat, amb una justificació basada en els coneixements teòrics-pràctics aconseguits.

CT2 Poder comunicar i comunicar en l’àmbit internacional en el seu desenvolupament professional.

CT3 Utilitzar eines i tècniques d’informació i comunicació per a l’anàlisi de dades i l’elaboració d’informes orals i escriptures i altres activitats formatives i professionals.

CT4 Respetar els drets fonamentals d’igualtat entre homes i dones, la promoció dels Drets Humans i els valors propis d’una cultura de pau i de valors democràtics.

CT5 Aplicar la perspectiva de gènere a les funcions propies de l’àmbit professional

Competències específiques (segons document Pla d'Estudis)

CE10 Ser capaç d’aplicar els procediments matemàtics a situacions científiques-tècniques necessàries al llarg dels estudis i en el futur exercici de la professió.

CE11 Conocer i saber utilitzar els conceptes bàsics del mètode estadístic, sent capaç d’analitzar estadísticament els resultats d’estudis i interpretar-los críticament.

  CE14 Conocer la biologia de los seres vivos en els seus nivells moleculars, cel·lulars, orgànics i poblacionals, amb énfasis en els organismes amb interès biotecnològic.

  CE15 Conocer les biomolècules essencials per a la vida i els conceptes bàsics d’enzimologia.

CE17 Conocer els processos metabòlics essencials dels seris vius i la seva regulació.

CE18 Adquirir una visió integrada de les estructures cel·lulars, relacionant-se amb les seves funcions específiques i els processos bioquímics implicats.

CE19 Conocer les singularitats de l’anàlisi genètic i les seves funcions biotecnològiques.

CE20 Entendre la funció dels gens i la seva regulació en resposta a canvis externs de la cèl·lula.

CE22 Adquirir un coneixement precís dels principis bàsics i dels mecanismes fisiològics dels organismes animals i vegetals.

CE28 Conocer i saber aplicar les tècniques d’anàlisi òmica i d’interpretació dels resultats.

Continguts fonamentals de l'assignatura

Tema 1: Introducció a la Bioinformàtica clàssica. (5 h) Seqüenciació i muntatge de genomes. Anotació genòmica. Bioinformàtica de gens que no codifiquen proteïnes. Dels gens a les proteïnes. Predicció de propietats de proteïnes. Bioinformàtica de tècniques òmiques.

Tema 2: Introducció a la Bioinformàtica de Xarxes Moleculars (5 h) Integració de informació per inferir xarxes genètiques i de proteïnes. Representació de xarxes.

Tema 3: Introducció a la predicció fisiològica (10 h): De la representació d’una xarxa a la predicció del seu comportament dinàmic. Models Matemàtics de Sistemes Moleculars. Limitacions dels models matemàtics de sistemes biològics. Exemples d’aplicació de les diferents eines i mètodes a problemes de recerca. 

Tema 4: Informàtica Mèdica: Bioinformàtica en la salut i en la malaltia (2h). Epidemiologia i eficiència del sistema sanitari. Gestió i seguiment de pacients. Assistència al diagnòstic.

   If these classes can not be given in person due to COVID19 related restrictions, they will be done through campus virtual. 

Activitats pràctiques

-Practiques de laboratori en aula informàtica. (Pr)

Aquestes es realitzaran amb tots els estudiants simultàniament, i són obligatòries. En les pràctiques els grups solucionaran problemes biològics aplicant els conceptes teòrics. Els treballs s’efectuaran en grups de 4 estudiants, sempre iguals durant toda la assignatura.

 

 

Eixos metodològics de l'assignatura

Tipus d'activitat

Descripció

Activitat presencial alumne

 

Activitat no presencial alumne

 

Avaluació

Temps total

 

 

Objectius

Hores

Treball alumne

Hores

Hores

Hores

Lliçó magistral

Classe magistral (Aula. Grup gran/Campus virtual)

Explicació dels principals conceptes

22

Estudi: Conèixer, comprendre i sintetitzar coneixements

10

2

34

Problemes  i

casos

Classe

participativa

(Aula.   Grup gran )

Resolució de problemes

i casos

0

Aprendre a resoldre

problemes i casos

0

 

0

Seminari

Classe participativa

(Grup mitjà)

Realització d'activitats de discussió o aplicació

0

Resoldre problemes. Discutir

0

 

0

Laboratori

Pràctica de

Laboratori

(Grup mitjà)

Execució de la pràctica:

comprendre fenòmens, mesurar...

0

Estudiar i Realitzar

memòria

0

 

0

Aula d' informàtica

Pràctica d'aula d'informàtica (Grup  mitjà )

Execució de la pràctica: comprendre fenòmens, mesurar...

28

Estudiar i Realitzar

memòria

110

 

139

Pràctiques de camp

Pràctica de camp (Grup mitjà )

Execució de la pràctica: comprendre fenòmens, mesurar...

0

Estudiar i Realitzar memòria

0

 

0

Visites

Visita a explotacions o industries

Realització de la visita

0

Estudiar i Realitzar memòria

0

 

0

Activitats dirigides

Treball de l'alumne (individual o grup)

Orientar a l'alumne en el treball (en horari de tutories)

0

Realitzar un treball bibliogràfic, pràctic, etc.

0

 

0

Altres

 

 

1

 

1

 

1

Totals

 

 

50

 

120

3

174

 

 

Pla de desenvolupament de l'assignatura

Les classes teòriques es faran a l’aula, que permetran l’accés virtual a través del campus virtual.

Les classes pràctiques es faran a la classe d’Informàtica, tret que la situació del professorat associat requereixi que estiguin en línia.

És possible que algunes de les classes pràctiques es facin a classe de practiques, però amb el professor present de forma virtual, per incorporar expertesa de professors que treballen fora del pais.

A les classes pràctiques, els estudiants treballaran de forma autònoma en grups de 3-5 estudiants, amb supervisió del professorat en cas que sorgeixi la necessitat.

Sistema d'avaluació

Exámenes

Prácticas

Análisis     de      casos     y

problemas

Otras actividades

Examen final presencial o actividad avaluativa a determinar en caso de imposibilidad de un examen presencial

30 %

60%   (2   activitats

avaluables, cadascuna 60%)

0

10%


Observacions

•Per a poder aprovar el curs s’ha d’obtenir com a mínim un 6 sobre 10 en cada treball efectuat i en el examen final. 10% de la nota final depèn del criteri del professor.

 

Avaluació alternativa:

En cas que l'estudiant no pugui efectuar l'avaluació continuada per algun dels supòsits inclosos a la normativa d'avaluació de la UdL, ho ha de comunicar al professor durant la primera setmana de classes.

En aquest cas l'estudiant podrà efectuar una avaluació única al final de l'assignatura, lliurant els dos treballs pràctics realitzats de forma individual (33% de la nota final cadascun) alhora que farà un examen final (34% de la nota final ).

Bibliografia i recursos d'informació

Bibliografia bàsica

Alves, R., Vilaprinyo, E. & Sorribas, A. (2008) Integrative Computational Biology: Perspectives and Possibilities for in silico network reconstruction in Molecular Systems Biology. Current Bioinformatics, 3: 98-129

Gromiha, M. M. (2010) Protein bioinformatics : from sequence to function. Elsevier

Lesk, A. M. (2008) Introduction to Bioinformatics. Oxford

Lengauer, T. (2007) Bioinformatics: From genomes to therapies. Wiley

Savageau, M. A. (2010) Biochemical Systems Analysis: A Study of Function and Design in

Molecular Biology, CreateSpace Press

 

Bibliografia complementària

http://web.udl.es/usuaris/pg193845/Courses/Bioinfo_Biotech_2011/index.html

PDF